Medlemmer af Mejeriforeningen betaler et årligt grundkontigent, samt et variabelt kontingent baseret på hvor meget mælk de indvejer eller køber. Medlemskontingentet udgør sammen med tilskud fra Mælkeafgiftsfonden Mejeriforeningens primære indtægtskilder.
Handelsvirksomheder, der ikke indvejer, producerer, eller forarbejder mejeriprodukter, men som derimod eksporterer danske mejeriprodukter til udlandet, og importerer udenlandske produkter til det danske marked betaler et engangsbeløb, når de tilslutter sig Markedsudvalget. Herudover betaler de et årligt grundkontingent på 14.000 kr.